Usciti dalla cripta, nel braccio sinistro del transetto, sostiamo di fronte al celeberrimo « Crocifisso di Teodote », così chiamato perché, nei moti rivoluzionari del 1799, esso provenne a questa Basilica dal soppresso Monastero detto appunto « di Teodote » o « della Pusterla », dove da secoli si venerava. Le proporzioni sono di circa due terzi di quelle naturali. La croce e il Crocifisso sono di lamina d'argento, e sono state recentemente restaurati (2002). Passando ad esaminare particolarmente la croce, essa ci offre, nella parte suprema della testata, due cerchi o clipei chiudenti due mezze figure umane giovani: il Sole e la Luna, questa col diadema falcato sopra i capelli.
Sul braccio trasversale, a destra, un rettangolo segnato da puntine a rilievo racchiude la figura, a mezza persona, della Madonna. Il nimbo è grande: il velo le scende sul capo sulle spalle e sulle braccia; la manica dell'avambraccio destro è stretta sino ai polsi; il viso è atteggiato a mestizia, le mani son lunghe, le dita son lunghe, il pollice è pure lungo e inserito nella mano, con molto rilievo, quasi presso il polso. La trattazione di tutta la figura è bizantina. A sinistra, entro analogo rettangolo, è San Giovanni Evangelista col nimbo alquanto minore, vestito di pallio, il viso di giovane assai, la capigliatura abbondante, ma aperta sull'orecchio che rimane ben visibile, il braccio destro alzato in atto di preghiera. Sotto lo zoccolo dei piedi del Crocifisso, una interessantissima lamina con due figure di proporzioni diseguali, e una iscrizione con il nome della Badessa Raingarda, operante a Pavia nella seconda metà del sec. X.
Tutta la figura del divino paziente, eccettuata la testa, più che applicata, è rilevata assai sopra il fondo della croce. Le braccia sono distese orizzontalmente, le palme sono aperte e lunghe come lunghe sono le dita e accentuato il pollice con la sua radice rilevata. Il perizoma dei fianchi scende sotto le ginocchia, ben drappeggiato e fermato sul davanti da un nodo. Le gambe quasi parallele, i piedi sono appena accennati dopo il recente restauro. È sorprendente nel nostro Crocifisso l'assenza assoluta di chiodi, anzi, anche di ferite, sia nelle mani che nei piedi, che nel costato; ed Egli sembra stare ritto senza nessuno sforzo, come sembra che nessuna forza umana lo abbia sopraffatto.
La testa che non è interiormente massiccia, presenta un'accuratissima lavorazione: l'artista le ha rivolto tutta la sua diligenza. Essa è lievemente inclinata a destra e, come appare evidente, lavorata a parte, non reca originariamente, corona di spine. I capelli sono bene ravviati e composti in cordicelle uniformi parallele dorate, e spartiti sulla fronte che in parte ricoprono; e discendono dietro la testa e sulle spalle. La fisionomia tutta quanta offre una serenità e una placidezza che si conformano a tutto l'atteggiamento della persona non cascante, non pendente, come più tardi si fece, ma ritta e ferma sulla croce. Ne traspare un senso di forza insieme e di bontà.
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