La costruzione della cripta sporge in avanti, con la sua fronte coronata dai due amboni superiori, dentro il quadrato centrale sotto il tiburio, e precisamente di ben m 2,55 dalla linea dei due pilastri reggenti l'arco trionfale; ed è, relativamente al piano originario della chiesa, così alta che, con le transenne superiori, sottrae a buona parte dei fedeli la vista dell'azione liturgica che si svolge lassù nel presbiterio, il quale però è ad un livello inferiore di due gradini, dal livello del Coro. L'interno della cripta è diviso dalle colonnine - pure di vario fusto e di varia roccia - in tre navatelle di sei campate ciascuna, raccolte in un'abside unica, affiancata da semicrociere triangolari.I capitelli si rivelano di una varietà tanto sorprendente, quanto significativa: alcuni, di forme arcaiche, accusano qui un reimpiego, altri riflettono nella finezza i migliori della chiesa superiore: due sono, per bellezza e per concetto, caratteristici per i loro motivi di draghi alati dai viluppi molteplici sinuosi e molli; e di giovinetti tunicati sorridenti. Si osservi ancora una piccola statuetta in marmo, di Madonna col Bambino, collocata a sinistra dell'altare, la quale ci richiama ad alcune Madonne pisane o senesi. Non sappiamo come essa sia pervenuta qua.
Ed ora, volgendoci per risalire, ci troviamo di fronte al piccolo, grazioso monumento del Beato Martino Salimbene, notaio di Pavia nel sec. XV.
Dentro il motivo di una conchiglia e sullo sfondo di un drappo, la scena raffigura il Beato dal profilo secco e austero, in piedi, nell'abito che somiglia a un saio di religioso: a mani giunte prega dinanzi alla Vergine dal viso e dal velo bene modellati, la quale regge il Bambino, meno bello. La scritta, sopra uno svolazzo, reca: «Oculi mei semper ad Dominum». L'epigrafe sottostante attesta che l'Autorità Ecclesiastica ha riconosciuto le virtù del pio Notaio, le quali gli possono, così, meritare l'onore degli altari. Il bel monumento eretto l'anno 1491 dal Collegio dei Notai Pavesi, è attribuito alla scuola di Giovanni Antonio Amadeo.
La cripta è intitolata a San Carlo Borromeo dal 1614.
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